Za reprezentaciju BiH je debitovao još kod Safeta Sušića, karijera mu je išla obećavajućim putem, međutim danas sa 32 godine nestao je sa fudbalske scene. Iako rođen u Francuskoj Sanjin Prćić je prošao sve omladinske selekcije BiH, a za A selekciju je debitovao 2014. godine protiv Lihtenštajna kad je selektor bio Sušić. Od tada je u različitim intervalima skupio još 16 nastupa za BiH, posljednje je upisao na proljeće 2023. godine kad je selektor bio Meho Kodro. Bio je Prcić i na klupi reprezentacije u septembru 2023. godine protiv Lihtenštajna i Islanda. Zanimljivo da je nekoliko dana ranije upisao i svoje posljednje minute na terenu. Prema zvaničnim podacima, Prcić je posljednji takmičarski meč odigrao 3. septembra 2023. godine kad je dobio šest minuta protiv Nice kao fudbaler Strasbourga.
U narednim mjesecima nije nikako igrao, štaviše uopće ga nije bilo u kadru. Čak je bio prestao i dolaziti na treninge iako je bio odlično plaćen. Sastanak s tadašnjim predsjednikom Marcom Kellerom je održan u aprilu 2024. godine da bi ubrzo nakon toga stigla i zvanična potvrda o raskidu saradnje. Prcić je od tada pa sve do danas bez kluba, takle duže od 18 mjeseci pa se postavlja pitanje da li je odlučio i reći zbogom fudbalu.
Bilo je ranije nekih spekulacija oko dolaska u FK Sarajevo, ali je to veznjak javno demantovao s porukom da nije zainteresovan. Zanimljivo da je u međuvremenu “nestao” i s Instagrama. Vrhunac karijere je svakako doživio u Strasbourgu s kojim je osvojio i Kup Francuske, a svoje fudbalske sposobnosti još je okušao u Italiji (Torino i Perugia) kao Španiji (Levante). Sve upućuje na to da je Prcić odlučio da se povuče od javnosti te živi miran i diskretan život, dok se čeka konačna odluka o penzionisanju.
